Na década de noventa, e com a colaboração da A.D.J.Santarém, foram realizados vários estágios técnicos de ju-jitsu na zona centro do país, com a participação de vários técnicos estrangeiros convidados. Já em 2000, foram realizados vários estágios técnicos ministrados pelo Mestre Luis Martin Galache, na zona centro do país (Torres Novas, Coimbra, entre outros). Após algumas diligências preliminares, Pedroso Leal, Farinha Paula, António Anjinho e Fausto Carvalho, em representação da Associação Cristã da Mocidade de Coimbra, Sopovo Riachos, CRL e Clube de Judo de Torres Novas, com a ajuda preciosa do então recém-chegado a Portugal, Mestre Luis Martin Galache, constituíram a FJJDAP em 18/04/2001, então sedeada em Torres Novas, sofrendo tal ato publicação em Diário da República, III série, n.º155, no dia 6/07/2001. Nesse mesmo ano e nesta primeira fase são eleitos Presidente da Direção da FJJDAP António Pedroso Leal.
Após a realização de várias atividades técnicas, em 08/03/2003, realizou-se um estágio técnico, o antecessor dos Congressos Nacionais da FJJDAP. O estágio foi realizado no centro de alto rendimento do Estádio Nacional, no Jamor / Lisboa, orientado pelo Mestre Luis Martin Galache (então) 5º DAN, com o (então) Presidente da União Europeia de Ju-Jitsu, D. Luis Báguena. Contou com a presença de mais de quarenta atletas. Nessa data a FJJDAP passou a fazer parte da União Europeia de Ju-Jitsu (UEJJ - JJEU), bem como da Federação Internacional de Ju-Jitsu (FIJJ – JJIF).
No mesmo ano, Portugal foi convidado para participar como país observador no Campeonato da Europa, em Itália, tendo sido representada nesse ato pelo Mestre Luís Galache.
Em 2 de Maio de 2004, a FJJDAP fez-se representar no curso de arbitragem da JJEU. A comissão europeia de arbitragem da JJEU outorga, após exames, o grau de Árbitro Continental a António André Alves, em Ath, Bélgica. Já em 28 de novembro de 2004, a representação da FJJDAP participou no Campeonato do Mundo de Seniores, em Madrid, com uma equipa no sistema de luta (três atletas, oriundos de Clubes de Coimbra e Viana do Castelo) e no sistema de duo (dois atletas de Beja), acompanhados pelo Mestre Luis Martin Galache.
Entre 2004 e 2009 a FJJDAP manteve uma atividade regular, seja com atividades técnicas (estágios técnicos e congressos), seja com atividades competitivas, seja a nível nacional (campeonatos e cursos de árbitros), seja a nível internacional.
Em fevereiro de 2009 são eleitos Presidente da Direção da FJJDAP Teófilo Fonseca e Vice-Presidente Luis Martin Galache, o que marca uma segunda fase na Federação. Entre 2009 e 2015 a FJJDAP manteve a sua atividade regular, desenvolvendo o Ju-Jitsu pelo território nacional, com estágios técnicos, cursos de treinadores, cursos de árbitros, congressos e campeonatos.
A nível internacional, entre outras participações, destaca-se a participação no Campeonato da Europa de Seniores, em Ghent, Bélgica, em outubro de 2010. A FJJDAP esteve representada por cinco atletas (Bruno Machado, Hugo Morgado, Ricardo Cavaco, Ricardo Morais, André Alves) e Luís Galache que comandou a equipa. Neste campeonato obtiveram-se as primeiras vitórias em combates para atletas Portugueses (Ricardo Morais venceu um combate por fusen-gachi, André Alves venceu o primeiro combate efetivamente disputado, por pontos).
A partir de outubro de 2015 inicia-se uma nova e terceira fase na vida da FJJDAP, correspondente à fase de afirmação no panorama nacional, como a única estrutura real e funcional do Ju-Jitsu em Portugal. Com efeito, a partir desta data filiaram-se na FJJDAP dezenas de associações que se dedicavam à prática do Ju-Jitsu / Ju-Jutsu de forma isolada. É ainda uma fase de reconhecimento oficial, culminando na realização de vários procedimentos institucionais. Com efeito, e no que diz respeito à formação, entre março e setembro de 2016 a FJJDAP levou a cabo cinco ações de formação complementar (Faro, Lisboa, Porto e Santarém), permitindo a 150 treinadores de Ju-Jitsu a obtenção do seu título profissional de treinador de desporto (TPTD), de acordo com as diretivas do IPDJ e normas do PNFT.
Esta é ainda uma fase de obtenção dos primeiros resultados em grandes competições internacionais. Desde logo, com o primeiro lugar obtido por Mariana Esteves no Campeonato do Mundo de Juniores, em sistema Ne-waza, realizado em março de 2016, em Madrid, Espanha.
Passando pelo terceiro lugar obtido por Ana Dias, no Campeonato do Mundo de Seniores, sistema Ne-Waza, realizado em Wroclaw, Polónia. Em fevereiro de 2017 é eleito António André Alves como Presidente da Direção da FJJDAP, e Luis Martin Galache como Vice-Presidente, sendo incorporados nos órgãos sociais vários membros das novas Associações aderentes. Em julho de 2017, nos Jogos Mundiais realizados em Wroclaw, na Polónia, a atleta Ana Dias, integrada na Comitiva Portuguesa organizada pelo Comité Olímpico de Portugal, obteve um excelente terceiro lugar.
A FJJDAP, obteve o estatuto de utilidade pública através do Despacho da Excelentíssima Sra. Ministra da Presidência e da Modernização Administrativa, datado de 09/10/2017, publicado em DR, 2ª série, n.º201, de 18/10/2017. Finalmente, obteve o seu estatuto de utilidade pública desportiva através do Despacho do Excelentíssimo Sr. Secretário de Estado da Juventude e Desporto, datado de 04/10/2019, publicado em DR, 2ª série, n.º198, de 15/10/2019.
Nestes últimos anos, destacam-se as classificações de Tiago Balão (3.º no Campeonato da Europa de Juniores, em 2017, +94Kg, Ne-Waza, Bucareste, Roménia; 3.º no Campeonato do Mundo de Artes Marciais, em 2019, +85kg, Luta, Chungcheongbuk-do, Coreia do Sul); Joaquim Faria (2.º na Taça do Mundo Universitária de 2019, -69Kg, Luta, Chiang Mai, Tailândia); Teresa Coelho (Campeonato da Europa de Seniores, em 2019, -57kg, Ne-Waza, Bucareste Roménia).